První doložené varhany v kostele Nanebevzetí Panny Marie v Emauzích byly barokní varhany, které nechal pořídit tehdejší opat Zedlitz (ve funkci 1708 – 1720). Jejich zvukový protějšek, positiv, z let 1730 až 1740 zakoupil opat Maxmilian Bach. Na tyto nástroje byla v tamním chrámu doprovázena liturgie téměř do konce 19. století.
V době romantismu, na konci 19. století, už přestal barokní nástroj vyhovovat a bylo rozhodnuto zhotovit varhany nové. Nový nástroj měl 2 manuály a 33 rejstříků (varhanář Koulen ze Štrasburku). Zanedlouho, v letech 1897 – 1898 byl tento nástroj rozšířen na 3 manuály a 64 rejstříků firmou Paštika. Jeho disposice, kterou navrhl tehdejší podpřevor emauzský, organolog a varhaník P. Schachleiter, dokonale odpovídala tehdejšímu zvukovému ideálu. Na tyto proslulé varhany hrálo mnoho vynikajících varhaníků té doby, z nichž nejvýznamnější byl Bedřich Wiedermann.
Při bombardování Prahy v únoru 1945 byly Emauzy velmi poškozeny, zejména klášterní kostel. Varhany sice zůstaly téměř nedotčeny, ale po jejich rozebrání a zcela nevhodném uskladnění v kapli sv. Kosmy a Damiána byly nenávratně rozkradeny a zničeny.
Emauzský spolek Gregorius založený v roce 2009 za účelem obnovy varhan začínal s obnovou varhan zcela „od nuly“. Zajistil akustický průzkum kostela, protože akustické parametry kostela se po dostavbě válkou zničené části zcela změnily. Prof. Václav Syrový z HAMU navrhl na základě tohoto průzkumu několik možných variant nových varhan, z nichž byla formou ankety mezi odborníky vybrána jedna z možností. Konkrétní návrh provedl varhaník a organolog Ing. Marek Čihař. Z důvodů ekonomických i akustických je tento návrh mnohem skromnější, než proslulé Paštikovy varhany. Spíše se podobá původnímu baroknímu nástroji. Počítá se dvěma manuály a 23 rejstříky.
V současné době jsou na kůru elektronické varhany z kostela ve Strašnicích, které mají svou dobu životnosti už několik let za sebou.
